青岛大学高能物理应用研究院是学校直属科研机构，主要从事高能物理研究、微型核反应堆开发应用研究、先进加速器技术研究及开发、先进射线技术与应用，高能激光技术应用研究等。高能物理应用研究院其中最主要研究方向是围绕高能强流加速器的设计、制造和应用及拓展应用研究。此外，研究院的另一个主要研究方向是自然安全原则在核反应堆的应用，推动中国微型核反应堆设计迈入自然安全时代。另外高能院将在凝聚态物理、材料科学、生物、医学、地矿、矿等领域开展研究成为我国此领域的重要研究基地，高能院与世界几十所大学和科研机构建立了长期稳定的合作关系，积极参加大型高能物理实验国际合作，必将有力地促进我国相关领域的研究和高技术发展。